Иван Егорович Забелин родился в Твери в семье мелкого чиновника Казенной палаты. Вскоре после переезда в Москву отец скоропостижно скончался, оставив жену и двух малолетних детей без средств к существованию. Младшего сына пришлось определить в Воспитательный дом, а старший, Иван, был практически предоставлен самому себе. Будучи одаренным от природы ребенком, он самостоятельно выучился читать и писать.

В 12 лет хлопотами матери его определи на казенное содержание в Преображенское сиротское училище. Это было единственное учебное заведение, в котором будущий историк получил систематическое образование. Именно в его стенах зародилась любовь И.Е. Забелина к отечественной истории, литературе, здесь он познакомился с основами философии, риторики, естествознания.

Своими успехами и стараниями в учебе юный Забелин обратил на себя внимание преподавателей и попечителя училища Д.М. Львова. Но продолжать дальнейшее образование не было средств. По рекомендации Львова, который заметил интерес юноши к историческим знаниям, Забелин был определён канцелярским служителем второго разряда в Оружейную палату, где хранились дворцовые архивы – одно из богатейших собраний исторических документов XVI–XVII вв., отражавших жизнь царского двора.

Так И.Е. Забелин вступил в огромный и таинственный мир русской истории, ставший его судьбой. Постепенно овладевая исследовательскими навыками, он прошёл путь от обычного писца до архивариуса, а затем и консультанта учёных посетителей, одновременно начав вести самостоятельную научную работу.

К началу 1850-х годов были опубликованы около сорока серьезных научных статей молодого историка, на него обратили внимание выдающиеся учёные: М.П. Погодин, С.П. Шевырев, Т.Н. Грановский, К.Д. Кавелин, И.М. Снегирёв, П.М. Строев и др. Поддержку Забелину оказывал попечитель Московского учебного округа и председатель Общества истории и древностей российских при Московском университете граф С.Г. Строганов.

В 1850-х годах научный авторитет Забелина вырос настолько, что, несмотря на формальный недостаток образования, его приглашали читать курсы русской истории и археологии в учебных заведениях.

В июне 1859 года титулярный советник Иван Забелин был переведён на службу в Императорскую археологическую комиссию. Так начался новый этап его жизни – полевого археолога, который продолжался практически два десятилетия. За это время историк исследовал ряд скифских курганов в Поднепровье и на Тамани. Именно Забелин проводил раскопки знаменитого кургана Чертомлык, предметы из которого значительно пополнили золотую кладовую Эрмитажа.

Служба в Археологической комиссии и полевые работы не стали препятствием для исследовательской деятельности. В 1860-е выходят самые известные труды учёного, посвящённые повседневной жизни царского двора – «Домашний быт русских царей в XVI–XVII столетиях» (1862) и «Домашний быт русских цариц в XVI–XVII столетиях» (1869). Эти работы открыли российскому читателю мир русской старины так непосредственно и живо, как ещё не удавалось сделать ни одному историку. Основная идея Забелина состояла в том, что именно из бытовой стороны жизни, из повседневности вырастают так называемые великие события истории, разнообразные явления общественной и политической жизни. До него никто не освещал историю в подобном аспекте.

Необходимо отметить, что особые отношения связывали И.Е. Забелина с Москвой ‒ он являлся «официальным историографом» древней столицы. Своими исследованиями историк фактически открыл для москвичей их родной город. В 1902 году, ещё при жизни учёного, вышел первый том, посвящённый истории Кремля.

Служба в Историческом музее позволила Забелину подняться ещё выше по карьерной лестнице. В 1891 году он получил чин тайного советника, а буквально за полтора месяца до смерти Николай II пожаловал ученому чин действительного тайного советника. Для человека из низов, самоучки, не имевшего дворянского титула, – это практически уникальный случай.