Музей был открыт 25 октября 1924 года как филиал Курского губернского музея. Первоначально он размещался в помещениях бывшего Белгородского Свято-Троицкого мужского монастыря. За короткое время были сформированы фонды музея, на тот момент насчитывавшие около 8 тысяч единиц. В том же году в нём были созданы культурно-исторический, естественно-исторический, производственно-экономический, культурно-просветительский отделы, работал уголок ликвидации безграмотности.

В годы Великой Отечественной войны все музейные ценности были уничтожены и разграблены немецко-фашистскими оккупантами, вновь сбор экспонатов начался уже после завершения войны. В 1963 году музей получил статус областного, а в 1991 был переведён в новое здание.

Сегодня фонды музея насчитывают уже более 185 тысяч предметов, ежегодно собрание пополняется более чем двумя тысячами экспонатов. Ежегодно Белгородский государственный историко-краеведческий музей и его филиал — Мемориал «В честь героев Курской битвы» — посещают более 100 тысяч человек. Музей является методическим центром музейного дела области, регулярно проводит семинары и стажировки, направленные на повышение квалификации сотрудников районных музеев.

«С первых дней создания музей стал настоящим центром притяжения для тех, кто интересуется историей родного края, гордится своими земляками — известными учёными, военачальниками, писателями, музыкантами, спортсменами-олимпийцами, хлеборобами, работниками промышленных предприятий, учреждений образования и культуры.

Отрадно, что благодаря неустанной, кропотливой деятельности многих поколений сотрудников, их энтузиазму и подвижничеству музей славится уникальными археологическими, этнографическими, художественными коллекциями, богатейшим собранием образцов декоративно-прикладного искусства. Один из главных разделов посвящён Великой Отечественной войне, освобождению Белгородчины от нацистских захватчиков. Особо отмечу, что, несмотря на сегодняшнюю сложную обстановку в регионе, вы продолжаете мужественно проводить востребованную научную, исследовательскую, творческую работу, поддерживаете жителей, наших бойцов».